A partir del documento elaborado por la Dirección Legal y Contencioso de la PPN, que fue remitido a la Fiscalía General de Política Criminal, Derechos Humanos y Servicios Comunitarios en el mes de mayo de 2009, la Procuración General de la Nación aprobó el Protocolo de actuación del Ministerio Público Fiscal para la investigación de severidades, vejaciones, apremios ilegales y torturas. 

La PROCURACION PENITENCIARIA DE LA NACION, elaboró un documento conteniendo pautas para la investigación judicial de casos de tortura y otros malos tratos, logrado a partir de los mismos criterios seguidos por esta institución en la investigación de situaciones de tortura. 
El documento fue remitido a la Fiscalía General de Política Criminal, Derechos Humanos y Servicios Comunitarios el 14 de mayo de 2009, con el objetivo de ofrecer a esa fiscalía una guía que pudiera resultar de utilidad a los fiscales que intervienen en la instrucción penal de causas de tortura y apremios ilegales.
A partir de este documento la Procuración General de la Nación aprobó con fecha 18 de febrero de 2011 (P.G.N. Nº 3/11) el Protocolo de Actuación del Ministerio Público Fiscal para la investigación de severidades, vejaciones, apremios ilegales y torturas.
Mediante ese instrumento se fijan pautas para el desempeño de los fiscales, considerando la situación de vulnerabilidad en la que se encuentran las víctimas y testigos de los delitos de severidades, vejaciones, apremios ilegales y torturas, contemplados en los artículos 144, 144 bis y 144 ter del Código Penal de la Nación.
Establece pautas respecto al interrogatorio, tales como garantizar que la víctima declare sin la presencia de fuerzas de seguridad; medidas que deberán solicitar los fiscales a fin de garantizar el respeto por el enfoque de género; el resguardo físico del detenido; la necesidad de asegurar rápidamente las pruebas de cargo y evitar múltiples declaraciones testimoniales; etc. 
También incorpora el Protocolo de Estambul confeccionado por las Naciones Unidas que detalla los procesos para la investigación y documentación eficaces de tortura y otros tratos crueles.